此次深莞惠确定的重点合作事项，以及共同签署的四份合作协议，标志着三市合作领域进一步拓宽、合作水平进一步提升、合作进程进一步加快。

根据三市签署的《共建深莞惠区域创新体系合作协议》，到2015年，三市将实现共性技术研发设计平台共享和异地企业研发平台同城待遇，到2020年，深莞惠区域创新融为一体，率先建成国家创新型城市圈，成为有国际影响力的创新中心。

《协议》指出，三市在产业上的互补，为三市在区域创新体系的合作打下了坚实的基础。深圳作为全国经济中心城市和国家创新型城市，创新能力强，创新体系健全；东莞作为世界制造业基地，产业基础扎实，有完善的配套基础；惠州拥有丰富的土地、水和石化资源，通过人才、技术、信息、金融等优势资源在区域内聚集并高效配置，可极大促进区域自主创新能力提升。为实现区域创新体系合作目标，深莞惠将从创新平台共享共建、资源开发共享、人才联合培养等六个方面力推区域创新体系合作。

此外，深莞惠三市签订的另外三份协议，涉及交通项目对接、农产品质量安全、文化合作等，将为三市市民生活带来积极影响。

其中，根据《深莞惠加快推进交通运输一体化补充协议四》，东莞将与深圳开展两个交通对接项目，与惠州开展一个交通对接项目。三市还将共同推进城际轨道交通规划、建设。其中，深莞两市将尽快研究确定深圳6号、11号线和东莞R1、R3号线的具体接驳方案。

根据《农产品质量安全监管合作协议》，三市将以建立完善“四项制度”为重点，健全三市农产品质量安全监管协作机制。这四项制度包括农产品质量安全监督监测互认制度、市场准入制度、农产品源头追溯和农产品标识管理制度、信息共享和通报制度。 这意味着，今后，三市凡具有法定监测资质的农产品质量安全监测机构出具的监测报告，三市间互相认可，今后三市每季度还将相互通报本地农产品质量安全检测总体情况。

在文化合作方面，三市将开展公共文化服务合作、促进文化节庆、文化品牌合作、开展文化遗产保护合作、推进文化市场执法联动等，实现文化资源优势互补。