5月20日上午，广东省科技创新大会在广州召开，大会颁发了2020年度广东省科学技术奖。 其中，由中国工程院院士、广州医科大学附属第一医院国家呼吸系统疾病临床医学研究中心主任钟南山牵头，深圳国家感染性疾病临床医学研究中心/深圳市第三人民医院院长刘磊团队作为第二完成单位的“新发冠状病毒感染的防控策略与临床诊治”项目获得2020年度广东省科技进步奖特等奖。

获奖人员中深圳市三院有7人。其中，深圳市三院是深圳市唯一新冠患者定点收治医院和广东省抗疫“主战场”。2020年1月11日，深圳市三院收治了广东省第一例新冠肺炎病人，迅速腾空1100张床位，举全市全院之力抗击新冠肺炎疫情，截至2021年5月20日，共收治确诊患者504例，实现医务人员零感染、院内交叉零感染；国内疫情缓和后，深圳市三院积极参与国际抗疫合作，向12个国家或城市介绍深圳经验，派驻医疗队前往尼日利亚进行支援。 疫情期间，深圳市三院坚持以临床救治为导向，积极探索新冠肺炎致病机理、临床特征等前沿科学问题：最早提出有“粪口传播”可能；全球首次使用冷冻电子显微镜观察新冠病毒经灭活后的真实形貌；全球率先进行法匹拉韦临床治疗研究并取得突破性结果。 深圳市三院研究团队分离得到高活性中和抗体，为研发抗新冠病毒抗体药物打下坚实基础；单细胞测序研究揭示新冠重症化发病机制，绘制出全球首个新冠肺炎肺脏免疫细胞单细胞转录组和免疫组库图谱等。

 2020年度，深圳市三院在JAMA、Cell、Nature等顶尖杂志上发表新冠相关SCI论文94篇，总影响因子达871.8分，组织并参与42项新冠相关临床和基础研究项目，作为新晋机构在临床医学学科2020年首次进入基本科学指数数据库（ESI）全球前1%。