项目包括一期工程（福田口岸至少年宫）和二期工程（少年宫至清湖）。一期工程为福田口岸至少年宫，长约4.5公里，设站5座，总投资约21.9亿元，由政府财政性资金投资，1999年获批开工建设，2004年12月福民至少年宫开通，2007年6月福民至福田口岸开通。二期工程为少年宫至清湖，长约16公里，设站10座，总投资约52.2亿元，2005年获批建设规划，通过探索轨道交通投融资体制改革新思路，采用BOT（投资-建设-运营）模式进行运作。2009年特许经营协议签署后，市政府授权港铁（深圳）负责二期工程的投资建设，同时租赁一期项目资产，负责一、二期项目的贯通运营和维护管理，承担必要的车辆追加和设备更新，特许经营期届满时完好、无偿移交相应资产。项目特许经营期自2011年至2041年，共30年。

　　引进港铁投资建设运营地铁4号线，是CEPA实施以来深港合作的第一个大型基建项目，是国内第一个采用授予特许经营方式经营的轨道交通项目，对于深化深港合作、推动基础设施投融资体制改革具有重要意义；项目同时引进港铁轨道建设经验和经营理念，以及“轨道+物业”开发经验，为我市及国内其他城市站点周边土地开发提供借鉴。